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在流式細胞術中會使用多種熒光試劑，包括熒光偶聯抗體、DNA結合染料、活性染料、離子指示劑染料和熒光蛋白。
在過去的幾年里，由于相關試劑種類和數量的增加，用于流式細胞術實驗的參數數量發生了爆炸性增長。比如，用于偶聯單克隆抗體的熒光染料，如串聯染料和聚合物染料的數量急劇增加。此外，除了GFP之外，可用于轉染的熒光蛋白也有所增加，如mCherry、mBanana、mOrange、mNeptune等。本文就為大家介紹一下常用的流式熒光試劑。
有機小分子
有機小分子如熒光素(MW=389 D)、Alexa Fluor 488(熒光素類似物)、Texas Red (325 D)、Alexa Fluor 647 (1464 D)、Pacific Blue和Cy5 (762 D)通常用于抗體偶聯。它們具有一致的發射光譜，但有一個小的Stokes位移(激發波長和發射波長之間的差，約50-100 nm)。有機小分子很穩定，且很容易與抗體結合。目前，一些染料（例如Alexa Fluor, Thermo Fisher）經過特殊設計，可減小成像時的光漂白效應，是樣品需要成像分析時更好的試劑選擇。
藻膽蛋白
藻膽蛋白是來源于藍藻、鞭毛藻等藻類的大型蛋白質分子。藻膽蛋白的分子量大（例如藻紅素(PE)的分子量為240kD），非常適合于定量流式細胞術，因為它們在偶聯過程中通常有1:1的蛋白質與熒光色素比例。藻膽蛋白具有較大的Stokes位移(75-200 nm)和穩定的發射光譜。然而，藻膽蛋白易受光漂白效應影響，不建議長時間或反復暴露于激發光源。常用的藻膽蛋白有藻紅蛋白(PE)，藻藍蛋白(APC)和葉綠素蛋白(PerCP)等。
量子點
量子點 (Qdots) 是半導體納米晶體，具有與納米晶體尺寸相關的緊密熒光發射光譜。它們最適合用紫外或紫色激光激發，但也可能被多個激光最低限度地激發。當 Qdots 用于多參數實驗時，這種最小激發使熒光補償復雜化。由于補償問題和難以結合抗體，Qdots在多參數染色面板中已在很大程度上被聚合物染料取代。
高分子聚合物染料
聚合物染料由收集光信號的聚合物鏈組成，可以根據聚合物鏈的長度和連接的分子亞基，吸收和發射特定波長的光。聚合物染料非常穩定，具有與藻膽蛋白相似的量子效率，且光穩定性大大提高。由于聚合物染料只能吸收特定波長的光，因此避免了量子點試劑在多參數實驗中難以進行多次激光激發的問題。常見的聚合物染料有亮紫(BV)、亮紫外(BUV)和亮藍(BB)試劑。
串聯染料
串聯染料由藻膽蛋白（PE、APC、PerCP）或聚合物染料（BV421、BUV395）與小的有機熒光染料（Cy3、Cy5、Cy7）化學偶聯而成，可用單個激光源進行激發，這種染料增加了可由單個激光激發的熒光染料的種類。例如，Texas Red的最大激發波長為589 nm，PE的發射波長為585 nm，因此通過將PE偶聯到Texas Red， PE的發射光通過熒光能量轉移（FRET）激發Texas Red，使PE-TxRed串聯染料可以被488 nm或532 nm激光激發。聚合物鏈抗體使用相同的方法來增加可由單個激光激發的熒光染料。串聯染料非常明亮，具有較大的Stokes位移值 (150-300 nm)，這在處理低抗原密度樣本時非常有用。
然而，串聯染料的穩定性不如供體熒光染料，而且它們的能量轉移效率因批次而異，使補償變得復雜。大多數較長的Brilliant聚合物染料也是串聯的，也存在上述問題。
用于細胞計數的金屬偶聯物
金屬偶聯物由用于質譜流式細胞術的抗體與鑭系元素中的單一同位素重金屬離子結合產生。目前，有35種鑭系元素同位素可用于抗體偶聯。這種偶聯物是非熒光的，僅適用于質譜流式細胞術。
熒光蛋白
熒光蛋白常被用作基因表達的報告系統，最常用的是從水母中提取的綠色熒光蛋白(GFP)。研究者們對GFP進行克隆，獲得了青色熒光蛋白(CFP)和黃色熒光蛋白(YFP)。紅色熒光蛋白(DsRed)被發現于蘑菇?？?，并被成功地應用于熒光報告系統。新一代熒光蛋白(mCherry, mBanana)由DsRed克隆得到，具有更寬的激發光譜和發射光譜。在流式細胞術中，紫色、綠色和黃色激發的熒光蛋白應用尤其廣泛。
新的熒光蛋白不斷被發現和生成，目前已有數百種，為流式細胞術使用者們提供了更多樣化的選擇方案。
核酸染料
核酸染料可以結合DNA和RNA。它們可用于定量 DNA以進行細胞周期分析（碘化丙啶、7AAD、DyeCycle Violet、DAPI）、區分染色體以進行分選（Hoescht 33342、Chromomycin A3）、進行側群分析和細胞活力分析（Hoescht 33342）以分選干細胞、分選細菌等。
增殖染料
增殖染料可用來測定細胞增殖。羧基熒光素琥珀酰酯(carboxyfluoroscin succinim酯，CFSE)和其他類似染料可用于跟蹤增殖細胞的多次分裂。每個細胞都會被染料永久標記，但由于染料的稀釋，后代細胞中的染料量會降低。這些染料不影響細胞的生長和形態，適合長期的增殖研究。
細胞活性染料
細胞活性可以通過排除染料（碘化丙啶，DAPI）染色來測定，或通過一些胺結合染料與細胞內的胺結合，以確定細胞膜是否完整來測定。不能固定的排除染料僅適用于非傳染性細胞，且需要立即進行分析。胺結合染料能夠固定細胞，可用于傳染性細胞、內部抗原需要染色的細胞以及在實驗前需要儲存的細胞。
鈣指示劑染料
鈣指示劑染料與鈣結合時會發生顏色轉移，被用來指示細胞的激活和信號傳導。根據染料與鈣結合與否，檢測結果呈現為兩種波長的比值。最常用的鈣指示劑染料是紫外雙相鈣探針——indo-1。此外，藍綠色的鈣探針也已經得到應用。
